------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 48 sequences from file CHAPERONINS_CPN10 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 48 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename CHAPERONINS_CPN10.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CH10_ACTAC 93 CH10_ACYPS 96 CH10_AGRTU 98 CH10_AMOPS 96 CH10_ARATH 98 CH10_BACST 94 CH10_BACSU 94 CH10_BRUAB 98 CH10_CHLPN 102 CH10_CHLPS 102 CH10_CHLTR 102 CH10_CHRVI 96 CH10_CLOAB 95 CH10_CLOPE 94 CH10_COXBU 96 CH10_ECOLI 97 CH10_EHRCH 94 CH10_HAEDU 96 CH10_HAEIN 96 CH10_HUMAN 101 CH10_LACLA 94 CH10_LEGMI 96 CH10_LEGPN 96 CH10_LEPIN 96 CH10_MYCBO 99 CH10_MYCLE 99 CH10_MYCTU 100 CH10_PEA 21 CH10_PORGI 89 CH10_PSEAE 97 CH10_RAT 101 CH10_RHOSH 22 CH10_RICTS 94 CH10_RICTY 94 CH10_SPIOL 255 CH10_STAAU 94 CH10_STRAL 102 CH10_STRCO 102 CH10_SYNP6 103 CH10_SYNP7 103 CH10_SYNY3 102 CH10_THEP3 94 CH10_THETH 23 CH10_YEAST 106 CH11_RHIME 98 CH12_BRAJA 104 CH13_BRAJA 104 CH13_RHIME 101 Pratt run started at Thu Feb 6 19:06:11 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 8.3401 98( 48) K-x(5)-V 2: 7.8401 86( 48) L-x(1,2)-D 3: 7.8401 143( 48) K-x(2,3)-G 4: 7.8401 99( 48) K-x(2,3)-D 5: 7.3401 187( 48) V-x(1,3)-V 6: 7.3401 144( 48) D-x(1,3)-V 7: 7.3401 105( 48) T-x(0,2)-K 8: 7.3401 199( 48) V-x(0,2)-V Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.5019 58( 48) L-x(1,2)-D-x(3)-[ILV] B 2: 9.5808 118( 48) D-x(1,3)-V-[GILV] C 3: 8.3401 98( 48) K-x(5)-V D 4: 7.8401 143( 48) K-x(2,3)-G E 5: 7.8401 99( 48) K-x(2,3)-D F 6: 7.3401 187( 48) V-x(1,3)-V G 7: 7.3401 105( 48) T-x(0,2)-K H 8: 7.3401 199( 48) V-x(0,2)-V Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 10.5019 58( 48) L-x(1,2)-D-x(3)-[ILV] Occurences: 58(48) CH10_ACTAC : 4- 10: mrp Lh-DkviL kreav CH10_ACYPS : 6- 12: mkirp Lh-DrvlV krqev CH10_AGRTU : 9- 15: tnfrp Lh-DrvvV rrves CH10_AMOPS : 6- 12: mkirp Lh-DrvvV rrlee CH10_ARATH : 85- 92: eneyh LfrDedvL gtlhe CH10_BACST : 5- 11: mlkp Lg-DrvvI eviet CH10_BACSU : 5- 11: mlkp Lg-DrvvI elves CH10_BRUAB : 9- 15: ikfrp Lh-DrvvV rrves CH10_CHLPN : 13- 19: lrikp Lg-DrilV kreee CH10_CHLPS : 13- 19: lrikp Lg-DrilV kreee CH10_CHLTR : 13- 19: lkikp Lg-DrilV kreee CH10_CHRVI : 6- 12: mnirp Lh-DrvvV rrmee CH10_CLOAB : 6- 12: mkirp Lg-DrvvI krlea CH10_CLOPE : 6- 12: msikp Lg-DrvvI krlea CH10_COXBU : 6- 12: mkirp Lh-DrvvV rrlee CH10_COXBU : 77- 84: gtevk LagDeyiV mredd CH10_ECOLI : 6- 12: mnirp Lh-DrviV krkev CH10_EHRCH : 6- 12: mnlnm Lh-DnvlI ealee CH10_HAEDU : 6- 12: msirp Lh-DkviL kreev CH10_HAEIN : 6- 12: mnirp Lh-DrviI kreev CH10_HUMAN : 11- 17: rkflp Lf-DrvlV ersaa CH10_HUMAN : 89- 96: dkdyf LfrDgdiL gkyvd CH10_LACLA : 84- 90: eefli Lk-DsdlL aive CH10_LEGMI : 6- 12: mkirp Lh-DrvvV rrmee CH10_LEGPN : 6- 12: mkirp Lh-DrvvV rrmee CH10_LEPIN : 7- 13: asikp Lg-DrvlV eprqe CH10_MYCBO : 8- 14: vnikp Le-DkilV qanea CH10_MYCLE : 8- 14: vkikp Le-DkilV qagea CH10_MYCTU : 9- 15: vnikp Le-DkilV qanea CH10_PEA : 14- 20: taikp Lg-DrvlV k CH10_PORGI : 6- 12: mnikp La-DrvlV kpaaa CH10_PSEAE : 6- 12: mklrp Lh-DrvvI rrsee CH10_RAT : 11- 17: rkflp Lf-DrvlV ersaa CH10_RAT : 89- 96: dkdyf LfrDgdiL gkyvd CH10_RHOSH : 5- 11: xfkp Lh-DrvlV rrvqs CH10_RICTS : 6- 12: mkyqp Ly-DrvlV epiqn CH10_RICTY : 5- 11: sfkp Lh-DriaI kpien CH10_SPIOL : 67- 73: tsvkp Lg-DrvlI ktkiv CH10_SPIOL : 165- 171: kdlkp Ln-DrllI kvaev CH10_STAAU : 47- 54: vgtgr LlnDgtrV tpevk CH10_STAAU : 48- 54: gtgrl Ln-DgtrV tpevk CH10_STRAL : 13- 19: vaikp Le-DrivV qplda CH10_STRCO : 13- 19: vaikp Le-DrivV qplda CH10_SYNP6 : 14- 20: stvtp Lg-DrvfV kvaea CH10_SYNP6 : 85- 92: gtdik LgnDdyvL lsekd CH10_SYNP7 : 14- 20: stvtp Lg-DrvfV kvaea CH10_SYNP7 : 85- 92: gtdik LgnDdyvL lsekd CH10_SYNY3 : 13- 19: stvkp Lg-DrvfV kvspa CH10_SYNY3 : 84- 91: gtdik LggDdyvL ltekd CH10_THEP3 : 5- 11: mlkp Lg-DrivI evvet CH10_THETH : 11- 17: tvikp Lg-DrvvV kkiee CH10_YEAST : 14- 20: ksivp Lm-DrvlV qrika CH10_YEAST : 85- 92: gstik LgnDdevI lfrda CH10_YEAST : 93- 100: ddevi LfrDaeiL akiak CH11_RHIME : 9- 15: tnfrp Lh-DrvvV rrves CH12_BRAJA : 6- 12: mkfrp Lh-DrvvV krida CH13_BRAJA : 6- 12: mkfrp Lh-DrvvV krida CH13_RHIME : 6- 12: mafrp Lh-DrilV rrves B 2: 9.5808 118( 48) D-x(1,3)-V-[GILV] Occurences: 118(48) CH10_ACTAC : 6- 9: mrplh Dk--VI lkrea CH10_ACTAC : 61- 64: hvkvg Dt--VI fsdgy CH10_ACTAC : 77- 82: kteki DgeeVL iises CH10_ACYPS : 8- 11: irplh Dr--VL vkrqe CH10_ACYPS : 58- 62: dikpl Dvk-VG dvvif CH10_ACYPS : 63- 66: dvkvg Dv--VI fnegy CH10_AGRTU : 11- 14: frplh Dr--VV vrrve CH10_AGRTU : 11- 15: frplh Drv-VV rrves CH10_AGRTU : 61- 65: kvval Dvk-VG drvlf CH10_AGRTU : 66- 69: dvkvg Dr--VL fgqws CH10_AMOPS : 8- 11: irplh Dr--VV vrrle CH10_AMOPS : 8- 12: irplh Drv-VV rrlee CH10_AMOPS : 63- 66: vvkvg Dv--VL fgkys CH10_AMOPS : 89- 94: vmred DimgVI ek CH10_ARATH : 64- 67: svkeg Dt--VL lpeyg CH10_ARATH : 88- 92: yhlfr Ded-VL gtlhe CH10_BACST : 7- 10: lkplg Dr--VV ievie CH10_BACST : 7- 11: lkplg Drv-VI eviet CH10_BACST : 88- 93: ilres DilaVI g CH10_BACSU : 7- 10: lkplg Dr--VV ielve CH10_BACSU : 7- 11: lkplg Drv-VI elves CH10_BACSU : 88- 93: ilres DilaVI g CH10_BRUAB : 11- 14: frplh Dr--VV vrrve CH10_BRUAB : 11- 15: frplh Drv-VV rrves CH10_BRUAB : 66- 69: dvkag Dr--VL fgkws CH10_CHLPN : 43- 48: akkkq DraeVL vlgtg CH10_CHLPN : 86- 91: eitid DeeyVI lqsse CH10_CHLPS : 43- 48: akkkq DraeVL vlgtg CH10_CHLPS : 58- 62: gkrdk Dgn-VL pfevt CH10_CHLPS : 70- 73: evtvg Dt--VL idkya CH10_CHLTR : 43- 48: akkkq DraeVL algtg CH10_CHLTR : 70- 73: evqvg Di--VL idkys CH10_CHRVI : 8- 11: irplh Dr--VV vrrme CH10_CHRVI : 8- 12: irplh Drv-VV rrmee CH10_CHRVI : 58- 62: svral Dvk-VG dsvlf CH10_CHRVI : 63- 66: dvkvg Ds--VL fgkys CH10_CHRVI : 89- 94: vmree DimaVV eg CH10_CLOAB : 8- 11: irplg Dr--VV ikrle CH10_CLOAB : 8- 12: irplg Drv-VI krlea CH10_CLOPE : 8- 11: ikplg Dr--VV ikrle CH10_CLOPE : 8- 12: ikplg Drv-VI krlea CH10_CLOPE : 62- 65: evkig Dk--VL yskya CH10_COXBU : 8- 11: irplh Dr--VV vrrle CH10_COXBU : 8- 12: irplh Drv-VV rrlee CH10_COXBU : 58- 62: evrsl Dvk-VG dqilf CH10_COXBU : 89- 94: vmred DimgVI ek CH10_ECOLI : 8- 11: irplh Dr--VI vkrke CH10_ECOLI : 58- 62: evkpl Dvk-VG divif CH10_ECOLI : 63- 66: dvkvg Di--VI fndgy CH10_ECOLI : 79- 84: kseki DneeVL imses CH10_EHRCH : 8- 11: lnmlh Dn--VL ieale CH10_HAEDU : 8- 11: irplh Dk--VI lkree CH10_HAEDU : 63- 66: svkeg Dm--VI fnegy CH10_HAEIN : 8- 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CH10_PORGI : 49- 54: gngtk DeemVL kagdt CH10_PORGI : 58- 61: vlkag Dt--VL ygkya CH10_PSEAE : 8- 11: lrplh Dr--VV irrse CH10_PSEAE : 8- 12: lrplh Drv-VI rrsee CH10_PSEAE : 63- 66: avkvg Dk--VV fgpys CH10_RAT : 13- 16: flplf Dr--VL versa CH10_RAT : 68- 71: svkvg Dk--VL lpeyg CH10_RHOSH : 7- 10: fkplh Dr--VL vrrvq CH10_RICTS : 8- 11: yqply Dr--VL vepiq CH10_RICTS : 80- 83: klesk Dy--VV ikesd CH10_RICTS : 80- 84: klesk Dyv-VI kesdi CH10_RICTY : 62- 65: elkvg Dk--VL ygkwa CH10_SPIOL : 69- 72: vkplg Dr--VL iktki CH10_SPIOL : 241- 245: gvdgs Dym-VL rvsdv CH10_SPIOL : 249- 254: vlrvs DvmaVL s CH10_STAAU : 62- 65: evkeg Dr--VV fqqya CH10_STAAU : 88- 93: vlnee DilaVI e CH10_STRAL : 15- 19: ikple Dri-VV qplda CH10_STRAL : 69- 72: dvktg Dv--VL yskyg CH10_STRCO : 15- 19: ikple Dri-VV qplda CH10_STRCO : 64- 68: nrlpl Dvs-VG dvvly CH10_STRCO : 69- 72: dvsvg Dv--VL yskyg CH10_SYNP6 : 71- 74: evkig Dk--VL yskya CH10_SYNP6 : 88- 92: iklgn Ddy-VL lsekd CH10_SYNP6 : 89- 92: klgnd Dy--VL lsekd CH10_SYNP6 : 97- 102: llsek DilaVV a CH10_SYNP7 : 71- 74: evkig Dk--VL yskya CH10_SYNP7 : 88- 92: iklgn Ddy-VL lsekd CH10_SYNP7 : 89- 92: klgnd Dy--VL lsekd CH10_SYNP7 : 97- 102: llsek DilaVV a CH10_SYNY3 : 70- 73: evkvg Dk--VL yskya CH10_SYNY3 : 87- 91: iklgg Ddy-VL ltekd CH10_SYNY3 : 88- 91: klggd Dy--VL ltekd CH10_THEP3 : 7- 11: lkplg Dri-VI evvet CH10_THEP3 : 62- 65: kskvg Dr--VI fskya CH10_THEP3 : 88- 93: ilres DilaVI r CH10_THETH : 13- 16: ikplg Dr--VV vkkie CH10_THETH : 13- 17: ikplg Drv-VV kkiee CH10_YEAST : 16- 19: ivplm Dr--VL vqrik CH10_YEAST : 71- 74: qvkvg Dq--VL ipqfg CH10_YEAST : 88- 92: iklgn Dde-VI lfrda CH10_YEAST : 89- 92: klgnd De--VI lfrda CH11_RHIME : 11- 14: frplh Dr--VV vrrve CH11_RHIME : 11- 15: frplh Drv-VV rrves CH11_RHIME : 92- 97: imkea DimgVI g CH12_BRAJA : 8- 11: frplh Dr--VV vkrid CH12_BRAJA : 8- 12: frplh Drv-VV krida CH12_BRAJA : 58- 62: klipi Dvr-VG drvlf CH12_BRAJA : 63- 66: dvrvg Dr--VL fgkws CH12_BRAJA : 89- 94: imkes DimgVL advss CH13_BRAJA : 8- 11: frplh Dr--VV vkrid CH13_BRAJA : 8- 12: frplh Drv-VV krida CH13_BRAJA : 58- 62: klipi Die-VG drvlf CH13_BRAJA : 63- 66: dievg Dr--VL fgkws CH13_BRAJA : 89- 94: imkes DvmgVL tdvfs CH13_RHIME : 58- 62: qiqpl Dvk-VG drilf C 3: 8.3401 98( 48) K-x(5)-V Occurences: 98(48) CH10_ACTAC : 18- 24: eavet KsaggiV ltgsv CH10_ACTAC : 32- 38: gsvat KstrakV lavgp CH10_ACTAC : 75- 81: gvkte KidgeeV liise CH10_ACYPS : 20- 26: qeves KsaggiV ltgsa CH10_ACYPS : 34- 40: gsaag KstrgtV tavgk CH10_ACYPS : 55- 61: dngdi KpldvkV gdvvi CH10_AGRTU : 56- 62: rdeag KvvaldV kvgdr CH10_AMOPS : 69- 75: vvlfg KysgteV kvagq CH10_ARATH : 35- 41: pekss KlnsgkV iavgp CH10_ARATH : 54- 60: rdkdg KlipvsV kegdt CH10_BACST : 3- 9: ml KplgdrV vievi CH10_BACST : 19- 25: ietee KtasgiV lpdta CH10_BACST : 33- 39: dtake KpqegrV vavgk CH10_BACST : 68- 74: riifs KyagteV kydgk CH10_BACSU : 3- 9: ml KplgdrV vielv CH10_BACSU : 19- 25: vesee KtasgiV lpdsa CH10_BACSU : 68- 74: riifs KyagteV kyegt CH10_BRUAB : 37- 43: dtake KpqegeV vaaga CH10_BRUAB : 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