------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 46 sequences from file C5_MTASE_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 46 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 38 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename C5_MTASE_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: DCM_ECOLI 472 MTA1_ARTLU 521 MTAA_SYNP2 248 MTB1_BACBR 374 MTB1_BACSH 424 MTB1_BREEP 403 MTB1_HERAU 437 MTB6_BACSP 315 MTBA_BACAR 428 MTBB_BPSPB 257 MTBF_BACSU 409 MTBP_BPPHT 443 MTBR_BACSU 436 MTBR_BPRH1 503 MTBS_BPSPR 439 MTC1_CHVI3 367 MTC1_HERAU 420 MTC2_HERAU 437 MTD1_DESDN 415 MTD1_HERAU 309 MTD2_HERAU 354 MTDM_ARATH 1534 MTDM_HUMAN 1495 MTDM_MOUSE 1502 MTDX_HAEIN 304 MTE1_HERAU 437 MTE2_ECOLI 477 MTF1_FUSNU 344 MTG1_HAEGA 357 MTG1_HERAU 126 MTG2_HAEGA 358 MTH1_HAEHA 327 MTH2_HAEPA 358 MTH3_HAEAE 330 MTHT_METTF 330 MTM1_MORSP 418 MTNG_NEIGO 330 MTNM_NEIGO 312 MTNX_NEILA 313 MTS2_SHISO 379 MTS3_STAAU 412 MTS9_STAAU 430 MTSA_LACLC 389 MTSB_LACLC 360 MTSI_SALIN 461 MTSI_SPISQ 386 Pratt run started at Thu Feb 6 19:03:43 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 12.5102 46( 46) P-C-x(3)-S 2: 12.0102 64( 46) P-x(0,1)-C-x(3)-S 3: 11.0102 64( 46) E-x(0,2)-N-x(0,1)-V 4: 11.0102 81( 46) L-x(0,2)-F-x(3,4)-G 5: 11.0102 60( 46) F-x(1,3)-G-x(1,2)-G 6: 8.3401 140( 46) E-x(2)-R 7: 8.3401 102( 46) N-V 8: 8.3401 119( 46) E-N 9: 8.3401 145( 46) A-G 10: 8.3401 127( 46) S-x(2)-G 11: 8.3401 142( 46) F-x(3)-G 12: 8.3401 74( 46) C-x(3)-S 13: 8.3401 159( 46) L-x(2)-G 14: 8.3401 114( 46) I-D 15: 7.8401 179( 46) I-x(2,3)-A 16: 7.8401 157( 46) S-x(0,1)-K 17: 7.8401 228( 46) L-x(2,3)-I 18: 7.8401 257( 46) R-x(0,1)-L 19: 7.8401 189( 46) A-x(1,2)-L 20: 7.8401 140( 46) A-x(4,5)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 14.1387 46( 46) P-C-x-[ADGPST]-x-S B 2: 13.6387 63( 46) P-x(0,1)-C-x-[ADGPST]-x-S C 3: 12.5102 46( 46) P-C-x(3)-S D 4: 12.0102 64( 46) P-x(0,1)-C-x(3)-S E 5: 11.0102 64( 46) E-x(0,2)-N-x(0,1)-V F 6: 11.0102 81( 46) L-x(0,2)-F-x(3,4)-G G 7: 11.0102 60( 46) F-x(1,3)-G-x(1,2)-G H 8: 10.9619 92( 46) F-[AES]-x(2)-G I 9: 9.7597 61( 46) C-x-[ADGNPST]-x-S J 10: 8.3401 140( 46) E-x(2)-R K 11: 8.3401 102( 46) N-V L 12: 8.3401 119( 46) E-N M 13: 8.3401 145( 46) A-G N 14: 8.3401 127( 46) S-x(2)-G O 15: 8.3401 159( 46) L-x(2)-G P 16: 8.3401 114( 46) I-D Q 17: 7.8401 179( 46) I-x(2,3)-A R 18: 7.8401 157( 46) S-x(0,1)-K S 19: 7.8401 228( 46) L-x(2,3)-I T 20: 7.8401 257( 46) R-x(0,1)-L Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 14.1387 46( 46) P-C-x-[ADGPST]-x-S Occurences: 46(46) DCM_ECOLI : 176- 181: llagf PCqPfS lagvs MTA1_ARTLU : 83- 88: ltggf PCqPfS ksgaq MTAA_SYNP2 : 81- 86: viggp PCqSfS lagkr MTB1_BACBR : 91- 96: ftfgf PCnDyS ivgeh MTB1_BACSH : 155- 160: viggf PCpGfS eagpr MTB1_BREEP : 114- 119: vtggf PCqDfS fagkr MTB1_HERAU : 74- 79: lvggv PCqPwS iagkn MTB6_BACSP : 72- 77: llsgf PCtSfS vagyr MTBA_BACAR : 75- 80: llagf PCqPfS yagkq MTBB_BPSPB : 77- 82: ltsgf PCpTfS vaggr MTBF_BACSU : 169- 174: llagf PCqPfS nigkr MTBP_BPPHT : 77- 82: ltsgf PCpTfS vaggr MTBR_BACSU : 156- 161: ilggf PCpGfS eagpr MTBR_BPRH1 : 77- 82: lvggs PCqSfS vagyr MTBS_BPSPR : 77- 82: lvggs PCqSfS vaghr MTC1_CHVI3 : 72- 77: itagf PCtGfS iagsr MTC1_HERAU : 74- 79: llagf PCqPfS yagkq MTC2_HERAU : 74- 79: vvggv PCqPwS iagkn MTD1_DESDN : 75- 80: iiggp PCqGfS lsgnr MTD1_HERAU : 74- 79: iiggp PCqDfS sagkr MTD2_HERAU : 78- 83: lvgca PCqDfS qytkk MTDM_ARATH : 1197- 1202: inggp PCqGfS gmnrf MTDM_HUMAN : 1104- 1109: lcggp PCqGfS gmnrf MTDM_MOUSE : 1110- 1115: lcggp PCqGfS gmnrf MTDX_HAEIN : 74- 79: imggp PCqDfS sagkr MTE1_HERAU : 74- 79: lvggv PCqPwS iagkn MTE2_ECOLI : 185- 190: llagf PCqPfS lagvs MTF1_FUSNU : 70- 75: iiggp PCqSwS eagsl MTG1_HAEGA : 82- 87: liasp PCqGmS vagkn MTG1_HERAU : 74- 79: iiggp PCqDfS sagkr MTG2_HAEGA : 80- 85: llatp PCqGlS svgkn MTH1_HAEHA : 80- 85: lcagf PCqAfS isgkq MTH2_HAEPA : 102- 107: lcagf PCqAfS iagkr MTH3_HAEAE : 70- 75: iiggp PCqSwS eggsl MTHT_METTF : 72- 77: figgp PCqSwS lagsm MTM1_MORSP : 173- 178: lcagf PCqPfS higkr MTNG_NEIGO : 72- 77: iiggp PCqSwS eagal MTNM_NEIGO : 73- 78: laggv PCpPfS kagkq MTNX_NEILA : 73- 78: lsagf PCqPfS qaglk MTS2_SHISO : 141- 146: lvggf PCvAfS qaglk MTS3_STAAU : 84- 89: ivggf PCqDyS varsl MTS9_STAAU : 173- 178: lsggy PCqTfS yagkr MTSA_LACLC : 148- 153: lvggf PCqAfS qagkk MTSB_LACLC : 126- 131: ftysf PCqDiS vagyq MTSI_SALIN : 153- 158: imggp PCqAfS tagkr MTSI_SPISQ : 140- 145: ltysf PCqDlS qqgiq B 2: 13.6387 63( 46) P-x(0,1)-C-x-[ADGPST]-x-S Occurences: 63(46) DCM_ECOLI : 176- 181: llagf P-CqPfS lagvs MTA1_ARTLU : 83- 88: ltggf P-CqPfS ksgaq MTAA_SYNP2 : 80- 86: lvigg PpCqSfS lagkr MTAA_SYNP2 : 81- 86: viggp P-CqSfS lagkr MTB1_BACBR : 91- 96: ftfgf P-CnDyS ivgeh MTB1_BACSH : 155- 160: viggf P-CpGfS eagpr MTB1_BREEP : 114- 119: vtggf P-CqDfS fagkr MTB1_HERAU : 74- 79: lvggv P-CqPwS iagkn MTB6_BACSP : 72- 77: llsgf P-CtSfS vagyr MTBA_BACAR : 75- 80: llagf P-CqPfS yagkq MTBB_BPSPB : 77- 82: ltsgf P-CpTfS vaggr MTBB_BPSPB : 115- 121: kgvkc PkCeAvS kakde MTBF_BACSU : 169- 174: llagf P-CqPfS nigkr MTBP_BPPHT : 77- 82: ltsgf P-CpTfS vaggr MTBP_BPPHT : 115- 121: kgvkc PkCeAvS kakde MTBR_BACSU : 156- 161: ilggf P-CpGfS eagpr MTBR_BPRH1 : 77- 82: lvggs P-CqSfS vagyr MTBS_BPSPR : 77- 82: lvggs P-CqSfS vaghr MTC1_CHVI3 : 72- 77: itagf P-CtGfS iagsr MTC1_HERAU : 74- 79: llagf P-CqPfS yagkq MTC2_HERAU : 74- 79: vvggv P-CqPwS iagkn MTD1_DESDN : 74- 80: giigg PpCqGfS lsgnr MTD1_DESDN : 75- 80: iiggp P-CqGfS lsgnr MTD1_HERAU : 73- 79: liigg PpCqDfS sagkr MTD1_HERAU : 74- 79: iiggp P-CqDfS sagkr MTD2_HERAU : 78- 83: lvgca P-CqDfS qytkk MTDM_ARATH : 1196- 1202: fingg PpCqGfS gmnrf MTDM_ARATH : 1197- 1202: inggp P-CqGfS gmnrf MTDM_HUMAN : 1103- 1109: mlcgg PpCqGfS gmnrf MTDM_HUMAN : 1104- 1109: lcggp P-CqGfS gmnrf MTDM_MOUSE : 1109- 1115: mlcgg PpCqGfS gmnrf MTDM_MOUSE : 1110- 1115: lcggp P-CqGfS gmnrf MTDX_HAEIN : 73- 79: limgg PpCqDfS sagkr MTDX_HAEIN : 74- 79: imggp P-CqDfS sagkr MTE1_HERAU : 74- 79: lvggv P-CqPwS iagkn MTE2_ECOLI : 185- 190: llagf P-CqPfS lagvs MTF1_FUSNU : 69- 75: giigg PpCqSwS eagsl MTF1_FUSNU : 70- 75: iiggp P-CqSwS eagsl MTG1_HAEGA : 81- 87: flias PpCqGmS vagkn MTG1_HAEGA : 82- 87: liasp P-CqGmS vagkn MTG1_HERAU : 73- 79: liigg PpCqDfS sagkr MTG1_HERAU : 74- 79: iiggp P-CqDfS sagkr MTG2_HAEGA : 79- 85: fllat PpCqGlS svgkn MTG2_HAEGA : 80- 85: llatp P-CqGlS svgkn MTH1_HAEHA : 80- 85: lcagf P-CqAfS isgkq MTH2_HAEPA : 102- 107: lcagf P-CqAfS iagkr MTH3_HAEAE : 69- 75: giigg PpCqSwS eggsl MTH3_HAEAE : 70- 75: iiggp P-CqSwS eggsl MTHT_METTF : 71- 77: gfigg PpCqSwS lagsm MTHT_METTF : 72- 77: figgp P-CqSwS lagsm MTM1_MORSP : 173- 178: lcagf P-CqPfS higkr MTNG_NEIGO : 71- 77: giigg PpCqSwS eagal MTNG_NEIGO : 72- 77: iiggp P-CqSwS eagal MTNM_NEIGO : 73- 78: laggv P-CpPfS kagkq MTNX_NEILA : 73- 78: lsagf P-CqPfS qaglk MTS2_SHISO : 141- 146: lvggf P-CvAfS qaglk MTS3_STAAU : 84- 89: ivggf P-CqDyS varsl MTS9_STAAU : 173- 178: lsggy P-CqTfS yagkr MTSA_LACLC : 148- 153: lvggf P-CqAfS qagkk MTSB_LACLC : 126- 131: ftysf P-CqDiS vagyq MTSI_SALIN : 152- 158: limgg PpCqAfS tagkr MTSI_SALIN : 153- 158: imggp P-CqAfS tagkr MTSI_SPISQ : 140- 145: ltysf P-CqDlS qqgiq C 3: 12.5102 46( 46) P-C-x(3)-S Occurences: 46(46) DCM_ECOLI : 176- 181: llagf PCqpfS lagvs MTA1_ARTLU : 83- 88: ltggf PCqpfS ksgaq MTAA_SYNP2 : 81- 86: viggp PCqsfS lagkr MTB1_BACBR : 91- 96: ftfgf PCndyS ivgeh MTB1_BACSH : 155- 160: viggf PCpgfS eagpr MTB1_BREEP : 114- 119: vtggf PCqdfS fagkr MTB1_HERAU : 74- 79: lvggv PCqpwS iagkn MTB6_BACSP : 72- 77: llsgf PCtsfS vagyr MTBA_BACAR : 75- 80: llagf PCqpfS yagkq MTBB_BPSPB : 77- 82: ltsgf PCptfS vaggr MTBF_BACSU : 169- 174: llagf PCqpfS nigkr MTBP_BPPHT : 77- 82: ltsgf PCptfS vaggr MTBR_BACSU : 156- 161: ilggf PCpgfS eagpr MTBR_BPRH1 : 77- 82: lvggs PCqsfS vagyr MTBS_BPSPR : 77- 82: lvggs PCqsfS vaghr MTC1_CHVI3 : 72- 77: itagf PCtgfS iagsr MTC1_HERAU : 74- 79: llagf PCqpfS yagkq MTC2_HERAU : 74- 79: vvggv PCqpwS iagkn MTD1_DESDN : 75- 80: iiggp PCqgfS lsgnr MTD1_HERAU : 74- 79: iiggp PCqdfS sagkr MTD2_HERAU : 78- 83: lvgca PCqdfS qytkk MTDM_ARATH : 1197- 1202: inggp PCqgfS gmnrf MTDM_HUMAN : 1104- 1109: lcggp PCqgfS gmnrf MTDM_MOUSE : 1110- 1115: lcggp PCqgfS gmnrf MTDX_HAEIN : 74- 79: imggp PCqdfS sagkr MTE1_HERAU : 74- 79: lvggv PCqpwS iagkn MTE2_ECOLI : 185- 190: llagf PCqpfS lagvs MTF1_FUSNU : 70- 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