------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 9 sequences from file ASP_GLU_RACEMASE_1 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 9 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename ASP_GLU_RACEMASE_1.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: MURI_ECOLI 285 MURI_MYCLE 272 MURI_PEDPE 265 MURI_SALTY 46 RACD_STRTR 243 RACE_LACFI 268 RACX_BACSU 230 YGEA_ECOLI 230 YPNL_ERWCA 150 Pratt run started at Thu Feb 6 18:54:17 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 11.5102 11( 9) T-x(2,4)-L-A 2: 11.0102 11( 9) L-x(0,2)-A-x(1,2)-T 3: 11.0102 16( 9) L-x(3,4)-T-x(3,5)-A 4: 11.0102 11( 9) A-x(2,4)-L-x(3,4)-T 5: 10.5102 16( 9) V-x(3,5)-I-x(1,3)-A 6: 10.5102 18( 9) L-x(0,2)-A-x(0,2)-A 7: 10.5102 10( 9) E-x(2,4)-P-x(3,5)-A 8: 8.3401 24( 9) A-A 9: 8.3401 17( 9) I-x-A 10: 8.3401 19( 9) I-x(2)-A 11: 8.3401 12( 9) Y-x(5)-A 12: 8.3401 22( 9) L-x(4)-E 13: 8.3401 18( 9) V-x(2)-L 14: 8.3401 13( 9) A-x-T 15: 8.3401 27( 9) L-A 16: 8.3401 12( 9) N-T 17: 8.3401 25( 9) L-x(2)-E 18: 8.3401 17( 9) L-x(4)-T 19: 8.3401 20( 9) A-x(2)-L 20: 7.8401 18( 9) A-x(0,1)-D Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.1727 11( 9) V-x(3,5)-I-x(1,3)-A-x(2)-[AQT] B 2: 12.9293 10( 9) L-x(0,2)-A-x(1,2)-T-[AGIPV] C 3: 11.5102 11( 9) T-x(2,4)-L-A D 4: 11.0147 10( 9) L-x(4)-T-x(4)-[AIL] E 5: 11.0102 16( 9) L-x(3,4)-T-x(3,5)-A F 6: 11.0102 11( 9) A-x(2,4)-L-x(3,4)-T G 7: 10.5102 18( 9) L-x(0,2)-A-x(0,2)-A H 8: 10.5102 10( 9) E-x(2,4)-P-x(3,5)-A I 9: 10.2601 15( 9) L-A-[AEGQT] J 10: 10.2462 12( 9) I-x(2)-A-x-[AGQST] K 11: 10.2409 13( 9) V-x(2)-L-x(4)-[EGNST] L 12: 10.2051 14( 9) L-x-[DENQT]-E M 13: 8.3401 24( 9) A-A N 14: 8.3401 17( 9) I-x-A O 15: 8.3401 12( 9) Y-x(5)-A P 16: 8.3401 22( 9) L-x(4)-E Q 17: 8.3401 13( 9) A-x-T R 18: 8.3401 12( 9) N-T S 19: 8.3401 20( 9) A-x(2)-L T 20: 7.8401 18( 9) A-x(0,1)-D Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 13.1727 11( 9) V-x(3,5)-I-x(1,3)-A-x(2)-[AQT] Occurences: 11(9) MURI_ECOLI : 112- 125: fdfpv VgvvpaIkpaArlT angiv MURI_ECOLI : 114- 125: fpvvg Vvpa--IkpaArlT angiv MURI_MYCLE : 64- 77: icddl VgrgvkIlviAcnT asaac MURI_PEDPE : 92- 103: elpip Vigv--IlpgAiaA nrqtk MURI_PEDPE : 95- 106: ipvig VilpgaIa--AnrQ tknqk MURI_SALTY : 36- 45: vggls Vyde--Is--AapA d RACD_STRTR : 214- 225: dnhyp VidaqsIl--AdrT ieral RACE_LACFI : 92- 103: alpip Vigv--IepgAraA laqdk RACX_BACSU : 156- 165: hwqqa Vnql--Ia--AikQ pnhmq YGEA_ECOLI : 213- 224: rsvlp VfdtaaIh--AedA vafml YPNL_ERWCA : 19- 30: isiid Vtcqa-Ikh-AntT rvgll B 2: 12.9293 10( 9) L-x(0,2)-A-x(1,2)-T-[AGIPV] Occurences: 10(9) MURI_ECOLI : 13- 17: gntpc L--Aa-TP seprp MURI_MYCLE : 71- 78: rgvki LviAcnTA saacl MURI_PEDPE : 69- 76: knika LviAcnTA tnaal MURI_SALTY : 13- 17: entpc L--Aa-TP seprp RACD_STRTR : 221- 226: daqsi L--AdrTI erala RACE_LACFI : 133- 138: atier L--ApgTP viaka RACX_BACSU : 217- 222: dssac L--AksTV styla YGEA_ECOLI : 102- 109: ctlpf LhiAdaTG raitg YPNL_ERWCA : 34- 39: ttrvg Ll-At-TA tvkar YPNL_ERWCA : 35- 39: trvgl L--At-TA tvkar C 3: 11.5102 11( 9) T-x(2,4)-L-A Occurences: 11(9) MURI_ECOLI : 10- 14: lqdgn Tpc--LA atpse MURI_ECOLI : 277- 282: rygfe Tlek-LA vlg MURI_MYCLE : 186- 192: lvlgc ThyplLA gliql MURI_PEDPE : 77- 82: acnta Tnaa-LA vlqae MURI_SALTY : 10- 14: lqden Tpc--LA atpse RACD_STRTR : 225- 231: iladr TieraLA ernea RACE_LACFI : 129- 134: gaypa Tier-LA pgtpv RACE_LACFI : 185- 191: limgc ThfpfLA peisk RACX_BACSU : 221- 227: claks TvstyLA yqs YGEA_ECOLI : 60- 65: gewdk Tgdi-LA eaalg YPNL_ERWCA : 30- 36: khant TrvglLA ttatv D 4: 11.0147 10( 9) L-x(4)-T-x(4)-[AIL] Occurences: 10(9) MURI_ECOLI : 5- 15: matk LqdgnTpclaA tpsep MURI_MYCLE : 181- 191: sgvdt LvlgcThyplL agliq MURI_PEDPE : 16- 26: sgvgg LtvvkTaqklL pneei MURI_PEDPE : 180- 190: dqidt LilgcThfplL eegiq MURI_SALTY : 5- 15: matk LqdenTpclaA tpsep RACD_STRTR : 113- 123: eaane LvrqhTtgrvA ilgte RACE_LACFI : 180- 190: hpvkt LimgcThfpfL apeis RACX_BACSU : 124- 134: kkavv LgtepTiqsaI yqkvl YGEA_ECOLI : 211- 221: eersv LpvfdTaaihA edava YPNL_ERWCA : 35- 45: trvgl LattaTvkarI yqdnl E 5: 11.0102 16( 9) L-x(3,4)-T-x(3,5)-A Occurences: 16(9) MURI_ECOLI : 5- 14: matk LqdgnTpcl--A atpse MURI_ECOLI : 5- 15: matk LqdgnTpcla-A tpsep MURI_MYCLE : 181- 192: sgvdt LvlgcThypllA gliql MURI_PEDPE : 130- 139: aypka LaeinTklr--A ypvac MURI_SALTY : 5- 14: matk LqdenTpcl--A atpse MURI_SALTY : 5- 15: matk LqdenTpcla-A tpsep RACD_STRTR : 40- 51: ylnyv LfnhaTvpdrtA yildr RACD_STRTR : 113- 123: eaane LvrqhTtgrv-A ilgte RACD_STRTR : 143- 153: revkn Lgfe-TvipdtA lqeki RACD_STRTR : 221- 229: daqsi Ladr-Tier--A laern RACD_STRTR : 221- 231: daqsi Ladr-TieralA ernea RACE_LACFI : 133- 141: atier Lapg-Tpvi--A katqp RACE_LACFI : 133- 143: atier Lapg-TpviakA tqpmv RACE_LACFI : 180- 191: hpvkt LimgcThfpflA peisk RACX_BACSU : 124- 133: kkavv LgtepTiqs--A iyqkv RACX_BACSU : 217- 227: dssac Laks-TvstylA yqs YGEA_ECOLI : 81- 90: aegiv Lctn-Tmhkv-A daies YGEA_ECOLI : 167- 176: feelc Lgqf-Teasr-A ycaqv YGEA_ECOLI : 211- 221: eersv LpvfdTaaih-A edava YPNL_ERWCA : 34- 43: ttrvg Llat-Tatvk-A riyqd F 6: 11.0102 11( 9) A-x(2,4)-L-x(3,4)-T Occurences: 11(9) MURI_ECOLI : 2- 10: m Atk--LqdgnT pclaa MURI_MYCLE : 213- 221: saeet Akev-Lrvl-T erdll MURI_PEDPE : 125- 135: tikse AypkaLaeinT klray MURI_SALTY : 2- 10: m Atk--LqdenT pclaa RACD_STRTR : 109- 118: hmpre Aane-LvrqhT tgrva RACD_STRTR : 110- 118: mprea Ane--LvrqhT tgrva RACD_STRTR : 217- 225: ypvid Aqsi-Ladr-T ieral RACE_LACFI : 128- 137: agayp AtierLapg-T pviak RACX_BACSU : 121- 129: hpakk Avv--LgtepT iqsai YGEA_ECOLI : 76- 85: lqrag AegivLctn-T mhkva YPNL_ERWCA : 127- 135: qhyvd Atee-Likk-T vewyf G 7: 10.5102 18( 9) L-x(0,2)-A-x(0,2)-A Occurences: 18(9) MURI_ECOLI : 13- 15: gntpc L--A--A tpsep MURI_ECOLI : 85- 88: qeryp L--Al-A vvacn MURI_ECOLI : 85- 91: qeryp LalAvvA cntas MURI_ECOLI : 87- 91: rypla L--AvvA cntas MURI_ECOLI : 147- 152: sythe Li-ArfA necqi MURI_ECOLI : 168- 171: aemve L--Ae-A klhge MURI_MYCLE : 18- 23: sgvgg LtvAr-A iidql MURI_MYCLE : 250- 252: eafiq L--A--A rflgp MURI_PEDPE : 97- 102: vigvi LpgAi-A anrqt MURI_PEDPE : 97- 103: vigvi LpgAiaA nrqtk MURI_SALTY : 13- 15: entpc L--A--A tpsep RACD_STRTR : 94- 97: yffee Lq-A--A tdipi RACE_LACFI : 81- 86: ataaa Lp-AlqA alpip RACE_LACFI : 84- 87: aalpa Lq-A--A lpipv RACX_BACSU : 159- 162: qavnq Li-A--A ikqpn YGEA_ECOLI : 64- 68: ktgdi LaeA--A lglqr YGEA_ECOLI : 64- 67: ktgdi L--Ae-A alglq YGEA_ECOLI : 64- 68: ktgdi L--AeaA lglqr YGEA_ECOLI : 71- 76: eaalg LqrAg-A egivl YGEA_ECOLI : 102- 107: ctlpf LhiAd-A tgrai YPNL_ERWCA : 34- 39: ttrvg Ll-AttA tvkar YPNL_ERWCA : 35- 39: trvgl L--AttA tvkar H 8: 10.5102 10( 9) E-x(2,4)-P-x(3,5)-A Occurences: 10(9) MURI_ECOLI : 81- 88: vtavq Ery--Plal--A vvacn MURI_ECOLI : 240- 249: tawll Ehea-Pdaks-A dania MURI_MYCLE : 96- 105: dvpvv Evil-Pavrr-A vaatr MURI_PEDPE : 124- 131: gtiks Eay--Pkal--A eintk MURI_SALTY : 8- 15: tklqd Ent--Pcla--A tpsep RACD_STRTR : 208- 217: mnefa EdnhyPvid--A qsila RACE_LACFI : 131- 141: ypati Erla-PgtpviA katqp RACX_BACSU : 113- 121: eetik Eiph-Pakk--A vvlgt YGEA_ECOLI : 207- 217: llvpe ErsvlPvfdt-A aihae YGEA_ECOLI : 207- 218: llvpe ErsvlPvfdtaA ihaed YPNL_ERWCA : 116- 127: lileq EvrtsPqhyvdA teeli I 9: 10.2601 15( 9) L-A-[AEGQT] Occurences: 15(9) MURI_ECOLI : 13- 15: gntpc LAA tpsep MURI_ECOLI : 133- 135: givgl LAT rgtvk MURI_ECOLI : 168- 170: aemve LAE aklhg MURI_MYCLE : 165- 167: rqvlg LAE gylep MURI_MYCLE : 191- 193: thypl LAG liqla MURI_MYCLE : 250- 252: eafiq LAA rflgp MURI_PEDPE : 130- 132: aypka LAE intkl MURI_PEDPE : 169- 171: vmnek LAE frqdq MURI_SALTY : 13- 15: entpc LAA tpsep RACD_STRTR : 230- 232: tiera LAE rneal RACE_LACFI : 104- 106: garaa LAQ dkkgp RACX_BACSU : 8- 10: lmigi LAG mgpks YGEA_ECOLI : 64- 66: ktgdi LAE aalgl YGEA_ECOLI : 185- 187: qviar LAE qgaqg YPNL_ERWCA : 35- 37: trvgl LAT tatvk J 10: 10.2462 12( 9) I-x(2)-A-x-[AGQST] Occurences: 12(9) MURI_ECOLI : 75- 80: ervva IvtAvQ erypl MURI_MYCLE : 195- 200: llagl IqlAmG envtl MURI_PEDPE : 194- 199: lleeg IqaAvG pdvtl MURI_SALTY : 40- 45: svyde IsaApA d RACD_STRTR : 226- 231: ladrt IerAlA ernea RACE_LACFI : 140- 145: pgtpv IakAtQ pmvei RACE_LACFI : 194- 199: flape IskAvG ptval RACX_BACSU : 95- 100: vyyee IqqAlS vpmlh RACX_BACSU : 190- 195: qhadi IisAcT dlnav YGEA_ECOLI : 104- 109: lpflh IadAtG raitg YPNL_ERWCA : 24- 29: vtcqa IkhAnT trvgl YPNL_ERWCA : 80- 85: yksgd IagAyS llspv K 11: 10.2409 13( 9) V-x(2)-L-x(4)-[EGNST] Occurences: 13(9) MURI_ECOLI : 31- 39: vfdsg VggLsvydE irhll MURI_ECOLI : 130- 138: tangi VglLatrgT vkrsy MURI_MYCLE : 68- 76: lvgrg VkiLviacN tasaa MURI_MYCLE : 178- 186: lqrsg VdtLvlgcT hypll MURI_PEDPE : 13- 21: fmdsg VggLtvvkT aqkll MURI_PEDPE : 212- 220: pgvet VhqLieilT kqalq MURI_SALTY : 31- 39: vfdsg VggLsvydE isaap RACD_STRTR : 122- 130: httgr VaiLgtegS mkagi RACE_LACFI : 50- 58: kdqae VrqLalsiG afllk RACE_LACFI : 177- 185: fkehp VktLimgcT hfpfl RACX_BACSU : 101- 109: qqals VpmLhiveE tikei YGEA_ECOLI : 120- 128: agmtr ValLgtryT meqdf YPNL_ERWCA : 32- 40: anttr VglLattaT vkari L 12: 10.2051 14( 9) L-x-[DENQT]-E Occurences: 14(9) MURI_ECOLI : 209- 212: cthfp LlQE ellqv MURI_ECOLI : 210- 213: thfpl LqEE llqvl MURI_MYCLE : 28- 31: aiidq LpDE divyv MURI_PEDPE : 26- 29: taqkl LpNE eiifi MURI_PEDPE : 189- 192: cthfp LlEE giqaa MURI_SALTY : 5- 8: matk LqDE ntpcl RACD_STRTR : 125- 128: grvai LgTE gsmka RACD_STRTR : 172- 175: kesdh LnQE lyyei RACD_STRTR : 202- 205: ctels LmNE faedn RACE_LACFI : 26- 29: viqqk LpNE evifv RACX_BACSU : 124- 127: kkavv LgTE ptiqs RACX_BACSU : 179- 182: alwqt LyEE isqha YGEA_ECOLI : 21- 24: ipyyr LiNE gikqr YPNL_ERWCA : 113- 116: elpli LeQE vrtsp M 13: 8.3401 24( 9) A-A Occurences: 24(9) MURI_ECOLI : 14- 15: ntpcl AA tpsep MURI_ECOLI : 121- 122: paikp AA rltan MURI_ECOLI : 229- 230: lvdsg AA iarrt MURI_MYCLE : 80- 81: cntas AA clrda MURI_MYCLE : 107- 108: vrrav AA trngr MURI_MYCLE : 133- 134: yqdaf AA ardte MURI_MYCLE : 134- 135: qdafa AA rdtei MURI_MYCLE : 251- 252: afiql AA rflgp MURI_PEDPE : 79- 80: ntatn AA lavlq MURI_PEDPE : 102- 103: lpgai AA nrqtk MURI_PEDPE : 160- 161: elhtt AA qkvmn MURI_PEDPE : 196- 197: eegiq AA vgpdv MURI_SALTY : 14- 15: ntpcl AA tpsep MURI_SALTY : 42- 43: ydeis AA pad RACD_STRTR : 96- 97: feelq AA tdipi RACD_STRTR : 109- 110: hmpre AA nelvr RACE_LACFI : 78- 79: cntat AA alpal RACE_LACFI : 79- 80: ntata AA lpalq RACE_LACFI 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nvafp YgekseA fiver MURI_ECOLI : 143- 149: tvkrs YtheliA rfane MURI_MYCLE : 128- 134: iasha YqdafaA ardte MURI_PEDPE : 42- 48: earmp YgprptA evvef MURI_SALTY : 37- 43: gglsv YdeisaA pad RACD_STRTR : 38- 44: qeyln YvlfnhA tvpdr RACD_STRTR : 178- 184: nqely YeileeA verln RACE_LACFI : 42- 48: qghfp YgtkdqA evrql RACX_BACSU : 92- 98: tahvy YeeiqqA lsvpm YGEA_ECOLI : 177- 183: easra YcaqviA rlaeq YPNL_ERWCA : 75- 81: esiya YksgdiA gaysl P 16: 8.3401 22( 9) L-x(4)-E Occurences: 22(9) MURI_ECOLI : 34- 39: sgvgg LsvydE irhll MURI_ECOLI : 100- 105: astvs LpalrE kfdfp MURI_ECOLI : 215- 220: lqeel LqvlpE gtrlv MURI_MYCLE : 83- 88: asaac LrdarE rydvp MURI_MYCLE : 205- 210: genvt LvssaE etake MURI_MYCLE : 217- 222: takev LrvltE rdllr MURI_PEDPE : 25- 30: ktaqk LlpneE iifig MURI_SALTY : 34- 39: sgvgg LsvydE isaap RACD_STRTR : 54- 59: rtayi LdrseE npmpf RACD_STRTR : 65- 70: npmpf LlddiE kqnll RACD_STRTR : 103- 108: tdipi LhmprE aanel RACD_STRTR : 181- 186: lyyei LeeavE rlnce RACD_STRTR : 200- 205: 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