------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 27 sequences from file AA_TRANSFER_CLASS_5 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 27 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename AA_TRANSFER_CLASS_5.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: CEFD_NOCLA 398 CEFD_STRCL 397 DHSS_ANACY 383 DHSS_SYNP1 384 EPIP_RABIT 370 NFS1_YEAST 497 NIFS_ANASP 400 NIFS_AZOCH 396 NIFS_AZOVI 402 NIFS_BACSU 395 NIFS_BRAJA 11 NIFS_KLEPN 397 NIFS_LACDE 355 NIFS_RHOCA 384 NIFS_RHOSH 387 SERC_ECOLI 361 SERC_HAEIN 362 SERC_SALGL 362 SERC_YEAST 395 SERC_YEREN 361 SPYA_CALJA 414 SPYA_FELCA 414 SPYA_HUMAN 392 SPYA_RABIT 392 SPYA_RAT 414 YCBU_BACSU 319 YFD0_YEAST 385 Pratt run started at Thu Feb 6 18:27:35 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 8.3401 110( 27) A-x(3)-L 2: 8.3401 80( 27) S-x(3)-A 3: 7.8401 122( 27) L-x(0,1)-D 4: 7.8401 120( 27) P-x(1,2)-L 5: 7.8401 109( 27) A-x(0,1)-I 6: 7.8401 117( 27) R-x(0,1)-A 7: 7.8401 118( 27) R-x(3,4)-L 8: 7.8401 121( 27) E-x(2,3)-A 9: 7.3401 87( 27) Y-x(0,2)-L 10: 7.3401 116( 27) I-x(0,2)-D 11: 7.3401 99( 27) P-x(0,2)-I 12: 7.3401 131( 27) A-x(0,2)-P 13: 7.3401 77( 27) S-x(2,4)-R 14: 7.3401 75( 27) S-x(1,3)-R 15: 7.3401 84( 27) S-x(0,2)-R Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 8.9893 59( 27) A-x(0,2)-P-[AGILPV] B 2: 8.3401 110( 27) A-x(3)-L C 3: 8.3401 80( 27) S-x(3)-A D 4: 7.8401 122( 27) L-x(0,1)-D E 5: 7.8401 120( 27) P-x(1,2)-L F 6: 7.8401 109( 27) A-x(0,1)-I G 7: 7.8401 117( 27) R-x(0,1)-A H 8: 7.8401 118( 27) R-x(3,4)-L I 9: 7.8401 121( 27) E-x(2,3)-A J 10: 7.3401 87( 27) Y-x(0,2)-L K 11: 7.3401 116( 27) I-x(0,2)-D L 12: 7.3401 99( 27) P-x(0,2)-I M 13: 7.3401 77( 27) S-x(2,4)-R N 14: 7.3401 75( 27) S-x(1,3)-R O 15: 7.3401 84( 27) S-x(0,2)-R Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 8.9893 59( 27) A-x(0,2)-P-[AGILPV] Occurences: 59(27) CEFD_NOCLA : 195- 199: tvvdg AqaPG ftdld CEFD_NOCLA : 197- 199: vdgaq A--PG ftdld CEFD_NOCLA : 328- 331: epvtp Ah-PG lsgam CEFD_STRCL : 99- 101: slrle A--PG eills CEFD_STRCL : 192- 196: tvvdg AhaPG fldld CEFD_STRCL : 194- 196: vdgah A--PG fldld CEFD_STRCL : 230- 232: gflhl A--PG rleel CEFD_STRCL : 245- 249: tqvsw AyePP egsgp CEFD_STRCL : 315- 319: arrll AdrPG rtllt CEFD_STRCL : 363- 367: ieaav AeqPP gpvlr DHSS_ANACY : 24- 28: allal AkhPI ghrts DHSS_ANACY : 295- 298: aadec As-PA itava DHSS_ANACY : 303- 306: aitav At-PG meadk DHSS_SYNP1 : 295- 298: aadsc As-PA itava EPIP_RABIT : 85- 88: cgqfs Av-PL nligl NFS1_YEAST : 338- 340: rsgtl A--PP lvagf NFS1_YEAST : 338- 341: rsgtl Ap-PL vagfg NIFS_ANASP : 85- 88: raall Aq-PA krhii NIFS_AZOCH : 81- 85: hails AlsPA raqdl NIFS_AZOCH : 390- 394: ehpgk AfaPV yg NIFS_AZOCH : 392- 394: pgkaf A--PV yg NIFS_AZOVI : 396- 400: edpgk AfaPV yg NIFS_AZOVI : 398- 400: pgkaf A--PV yg NIFS_BACSU : 8- 12: yldya AttPI ceeal NIFS_BRAJA : 6- 8: msenr A--PI yld NIFS_KLEPN : 364- 368: idyvv AtlPP iidrl NIFS_LACDE : 265- 269: iskyl AgkPG ihifs NIFS_RHOCA : 220- 224: lrkgv AfrPL lrggk NIFS_RHOSH : 42- 44: hgqgr A--PA ralma SERC_ECOLI : 11- 15: fssgp AmlPA evlkq SERC_ECOLI : 80- 84: grgqf AavPL nilgd SERC_ECOLI : 81- 84: rgqfa Av-PL nilgd SERC_ECOLI : 340- 343: asiyn Am-PL egvka SERC_HAEIN : 9- 12: vfnfs Ag-PA mifpe SERC_SALGL : 12- 16: fssgp AmlPA evlkl SERC_SALGL : 81- 85: grgqf AgvPL nllgd SERC_SALGL : 182- 184: stils A--PL dvsry SERC_SALGL : 341- 344: asiyn Am-PI egvka SERC_YEAST : 13- 16: pqhfg Ag-PA qmptp SERC_YEAST : 103- 105: khgki A--PA gylvt SERC_YEREN : 9- 12: vynfs Ag-PA mlpve SERC_YEREN : 12- 16: fsagp AmlPV evlrr SERC_YEREN : 81- 85: rraqf AavPL nllgd SERC_YEREN : 82- 85: raqfa Av-PL nllgd SERC_YEREN : 340- 343: asiyn Am-PI egvka SPYA_CALJA : 31- 33: hqllv A--PP kallk SPYA_CALJA : 213- 215: aslgg A--PL ymdqq SPYA_CALJA : 235- 237: qkvln A--PP gtsll SPYA_CALJA : 235- 238: qkvln Ap-PG tslls SPYA_FELCA : 31- 33: cqllv A--PP eallr SPYA_FELCA : 347- 350: tvttv Av-PA gydwr SPYA_HUMAN : 213- 215: qkaln A--PP gtsli SPYA_HUMAN : 213- 216: qkaln Ap-PG tslis SPYA_HUMAN : 325- 328: tvttv Av-PA gydwr SPYA_RABIT : 9- 11: rqllv A--PP ealrk SPYA_RABIT : 191- 193: aslgg A--PI ymdqq SPYA_RABIT : 213- 215: qkaln A--PP gtsli SPYA_RABIT : 213- 216: qkaln Ap-PG tslis SPYA_RAT : 235- 237: qkvln A--PP gisli SPYA_RAT : 235- 238: qkvln Ap-PG islis YCBU_BACSU : 30- 33: sqsal Ae-PV sraiq YFD0_YEAST : 205- 207: qkaig A--PA glsis YFD0_YEAST : 257- 260: kgayf At-PP vqlin YFD0_YEAST : 257- 261: kgayf AtpPV qlins YFD0_YEAST : 324- 327: tavyv Ad-PP dviaf B 2: 8.3401 110( 27) A-x(3)-L Occurences: 110(27) CEFD_NOCLA : 18- 22: vsldp AvtnL nagsc CEFD_NOCLA : 63- 67: pllwt ArerL agylg CEFD_NOCLA : 328- 332: epvtp AhpgL sgamt CEFD_NOCLA : 392- 396: erlae AlkeL sk CEFD_STRCL : 63- 67: allwq AresL arlig CEFD_STRCL : 86- 90: atnvt AavnL vassl CEFD_STRCL : 194- 198: vdgah ApgfL dldls CEFD_STRCL : 230- 234: gflhl ApgrL eelep CEFD_STRCL : 310- 314: eltdh ArrlL adrpg CEFD_STRCL : 390- 394: drlad AldaL tge DHSS_ANACY : 19- 23: pvpea AllaL akhpi DHSS_ANACY : 169- 173: liivd AvtsL gaynv DHSS_ANACY : 280- 284: natra AmkaL nlplf DHSS_SYNP1 : 169- 173: liivd AvtsL gavsv DHSS_SYNP1 : 280- 284: qatra AmkaL nlply DHSS_SYNP1 : 352- 356: rdila AvsaL eavla DHSS_SYNP1 : 377- 381: agvaa AsrvL sta EPIP_RABIT : 266- 270: nggaa AmkkL stiks NFS1_YEAST : 39- 43: ysppa AgvkL 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242: aamak AarlL ltdek NIFS_LACDE : 239- 243: amaka ArllL tdeke NIFS_LACDE : 281- 285: lkadf AphiL cfale NIFS_RHOCA : 43- 47: ghgfg AqagL glrka NIFS_RHOCA : 45- 49: gfgaq AglgL rkarl NIFS_RHOCA : 55- 59: rkarl AvaaL igaas NIFS_RHOCA : 104- 108: avehp AilmL aadle NIFS_RHOCA : 169- 173: aaeah AagaL fhtda NIFS_RHOCA : 181- 185: tdavq AvgkL pmsla NIFS_RHOCA : 220- 224: lrkgv AfrpL lrggk NIFS_RHOSH : 10- 14: yldnn AttrL apeal NIFS_RHOSH : 15- 19: attrl ApeaL qamlp NIFS_RHOSH : 53- 57: maarr AvleL igaea NIFS_RHOSH : 102- 106: tveha AvlaL cdhle NIFS_RHOSH : 143- 147: lsprv AlvsL mwann NIFS_RHOSH : 251- 255: glgra AelaL ggdhg NIFS_RHOSH : 261- 265: ggdhg AvrlL rdrle NIFS_RHOSH : 305- 309: faege AivmL ldrag SERC_ECOLI : 21- 25: evlkq AqqeL rdwng SERC_ECOLI : 80- 84: grgqf AavpL nilgd SERC_ECOLI : 304- 308: vpfql AdsaL dklfl SERC_ECOLI : 307- 311: qlads AldkL flees SERC_HAEIN : 22- 26: evlqk AqneL inwln SERC_HAEIN : 53- 57: elvtq AekdL revyn SERC_HAEIN : 194- 198: viyag AqknL gpagi SERC_HAEIN : 201- 205: knlgp AgitL viird SERC_SALGL : 22- 26: evlkl AqqeL rdwhg SERC_SALGL : 81- 85: grgqf AgvpL nllgd SERC_SALGL : 203- 207: knigp AgltL vivre SERC_SALGL : 305- 309: vpfql AdnaL dkvfl SERC_YEAST : 26- 30: pvlqq AakdL infnd SERC_YEAST : 223- 227: knigl AgltL yiikk SERC_YEAST : 351- 355: flkea AarhL tglkg SERC_YEAST : 379- 383: alsvk AvqnL vdfik SERC_YEREN : 22- 26: evlrr AeqeL rnwhg SERC_YEREN : 53- 57: qvaee AekdL rdlmq SERC_YEREN : 81- 85: rraqf AavpL nllgd SERC_YEREN : 217- 221: dllgk ArteL psild SERC_YEREN : 270- 274: gkrnq AkaeL lygai SPYA_CALJA : 8- 12: qalak AsaaL gpraa SPYA_CALJA : 24- 28: wvrtm AshqL lvapp SPYA_CALJA : 61- 65: pprtm AaggL qmlgh SPYA_CALJA : 316- 320: rkhre AaayL hgrlq SPYA_FELCA : 8- 12: ralar AsatL gpqva SPYA_FELCA : 24- 28: wartm AtcqL lvapp SPYA_FELCA : 56- 60: gpsnl AprvL vaggk SPYA_FELCA : 302- 306: slali AeqgL enswr SPYA_HUMAN : 2- 6: m AshkL lvtpp SPYA_HUMAN : 39- 43: pprim AaggL qmigs SPYA_HUMAN : 280- 284: slali AeqgL enswr SPYA_HUMAN : 294- 298: rqhre AaayL hgrlq SPYA_RABIT : 2- 6: m AsrqL lvapp SPYA_RABIT : 39- 43: pprvl AaggL qmigh SPYA_RABIT : 89- 93: calet AlfnL lepgd SPYA_RABIT : 355- 359: glgps AdkvL rigll SPYA_RABIT : 388- 392: alqhc AqsqL SPYA_RAT : 8- 12: rmlak AsvtL gsraa SPYA_RAT : 56- 60: gpsnl AprvL aagsl SPYA_RAT : 61- 65: aprvl AagsL rmigh SPYA_RAT : 111- 115: camet AlfnL lepgd SPYA_RAT : 316- 320: rrhre AtahL hkclr YCBU_BACSU : 266- 270: isvya AaaaL sllnh YCBU_BACSU : 268- 272: vyaaa AalsL lnhig YCBU_BACSU : 269- 273: yaaaa AlslL nhigv YCBU_BACSU : 297- 301: avqya AekgL qlaaa YFD0_YEAST : 205- 209: qkaig ApagL sislc C 3: 8.3401 80( 27) S-x(3)-A Occurences: 80(27) CEFD_NOCLA : 14- 18: areqv SldpA vtnln CEFD_STRCL : 252- 256: eppeg SgppA ardrf DHSS_ANACY : 62- 66: lmlnv SgtgA veagm DHSS_SYNP1 : 36- 40: rsgef SqimA amtag DHSS_SYNP1 : 62- 66: lilaa SgtgA meagi DHSS_SYNP1 : 354- 358: ilaav SaleA vlael EPIP_RABIT : 46- 50: emshr SsdfA kivnn EPIP_RABIT : 108- 112: vtgaw SakaA eeakk EPIP_RABIT : 344- 348: ggvrv SlynA vtied NFS1_YEAST : 35- 39: srrfy SppaA gvkld NFS1_YEAST : 80- 84: davva SgstA mshay NFS1_YEAST : 334- 338: erglr SgtlA pplva NFS1_YEAST : 405- 409: yvege SllmA lrdia NFS1_YEAST : 416- 420: rdial SsgsA ctsas NIFS_ANASP : 319- 323: ygica SsgsA ctsgs NIFS_AZOCH : 83- 87: ilsal SparA qdlit NIFS_AZOCH : 142- 146: dvavv SvmwA nnetg NIFS_AZOCH : 314- 318: vgiaa SsgsA ctsgs NIFS_AZOVI : 75- 79: scgte SdstA ilsal NIFS_AZOVI : 82- 86: stail SalkA qperk NIFS_AZOVI : 145- 149: dvavv SvmwA nnetg NIFS_AZOVI : 320- 324: vgiaa SsgsA ctsgs NIFS_BACSU : 33- 37: ygnas SlhdA ggkak NIFS_BACSU : 72- 76: sggte SnflA iqsll NIFS_BACSU : 143- 147: etglv SiqhA nsetg NIFS_BACSU : 260- 264: mekqi SrneA lrtyf NIFS_BACSU : 320- 324: snici StgsA csagy NIFS_BACSU : 323- 327: cistg SacsA gyhgp NIFS_BRAJA : 2- 6: m SenrA piyld NIFS_KLEPN : 70- 74: eiift SwprA tprha NIFS_KLEPN : 135- 139: fraal SprvA lvsvm NIFS_KLEPN : 142- 146: rvalv SvmwA nnetg NIFS_KLEPN : 316- 320: agiaa SsgsA ctsgs NIFS_LACDE : 61- 65: sggte SnntA 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