------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Sept. 1996 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 42 sequences from file 1433_2 PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 42 C%: min Percentage Seqs to Match 100.0 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename 1433_2.pratt2 OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 20 OA: max number Alignments 20 M: Print Patterns in sequences off Sequence lengths: 1431_ENTHI 239 1431_LYCES 231 1431_VICFA 261 1432_ENTHI 238 1432_LYCES 260 1432_VICFA 261 1433_CAEEL 248 1433_DROME 248 1433_ENTHI 236 1433_HORVU 262 1433_MAIZE 61 1433_OENHO 260 1433_ORYSA 260 1433_PEA 260 1433_SPIOL 220 1433_XENLA 235 1434_MAIZE 248 143B_BOVIN 244 143B_HUMAN 244 143B_RAT 244 143C_ARATH 267 143E_RAT 255 143E_SHEEP 255 143F_BOVIN 245 143F_HUMAN 245 143G_BOVIN 245 143G_RAT 246 143H_ARATH 267 143O_ARATH 259 143P_ARATH 255 143R_ARATH 251 143S_HUMAN 248 143T_HUMAN 245 143T_RAT 245 143U_ARATH 258 143Z_HUMAN 245 143Z_RAT 245 143Z_SHEEP 245 BMH1_YEAST 266 BMH2_YEAST 272 RA24_SCHPO 271 RA25_SCHPO 270 Pratt run started at Thu Feb 6 18:24:34 1997 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 58.3807 42( 42) S-T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 2: 54.2107 42( 42) T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 3: 50.0406 42( 42) L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 4: 45.8706 42( 42) I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 5: 41.7005 42( 42) M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 6: 37.5305 42( 42) Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W 7: 33.3604 42( 42) L-L-x-D-N-L-T-L-W 8: 29.1904 42( 42) L-x-D-N-L-T-L-W 9: 25.0203 42( 42) D-N-L-T-L-W 10: 23.5203 43( 42) D-x(1,2)-L-x(0,2)-I-x(3)-L-x(2)-N-x-T 11: 23.5203 42( 42) D-x(3)-I-x(2,4)-L-L-x(1,2)-N-x-T 12: 20.8503 42( 42) N-L-T-L-W 13: 20.3503 58( 42) P-x-R-x(3,4)-L-x(4)-F-x(3)-I 14: 19.3503 43( 42) D-x(2)-L-x(0,1)-I-x(2,4)-L-L 15: 19.3503 43( 42) E-x(3)-K-x(2,3)-L-x(0,2)-Q-x(3)-D 16: 19.3503 59( 42) R-x(2,3)-L-A-x(3,5)-F-x(3)-I 17: 18.8503 77( 42) E-x(3)-L-x(1,3)-S-x(0,2)-Y-K 18: 16.6802 42( 42) L-T-L-W 19: 16.1802 72( 42) A-x(1,2)-L-A-x(2)-A 20: 16.1802 59( 42) R-x(3,4)-L-x(4)-F-x(3)-I Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 69.8364 42( 42) S-T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] B 2: 65.6663 42( 42) T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] C 3: 62.5380 51( 42) E-x-[DR]-[NST]-L-x(1,3)-S-x(0,2)-Y-K-[DN]-[SV]-x-[GL]-x(2)-[QR]-[AL]-x(2)-[DR]-x-[IL]-[ST]-x(2)-[ET]-[QS]-[DEK]-x-[AEGNQST]-x(2)-[ADEGQ] D 4: 61.4963 42( 42) L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] E 5: 57.3262 42( 42) I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] F 6: 53.1562 42( 42) M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] G 7: 48.9861 42( 42) Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] H 8: 44.8161 42( 42) L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] I 9: 41.6290 43( 42) D-x(1,2)-L-x(0,2)-I-x-[EQ]-[FL]-L-x-[DK]-N-x-T-x(2)-[AET]-[AS]-[DEK] J 10: 40.6460 42( 42) L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] K 11: 36.4760 42( 42) D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] L 12: 36.2883 42( 42) D-[DSV]-x-L-x(0,1)-I-x(2,4)-L-L-x-[DNV]-[GNS]-x-[ST]-[IL]-x-[AST] M 13: 35.1291 42( 42) D-[SV]-x(2)-I-x(2,4)-L-L-x(1,2)-N-x-T-x(2)-[AET]-[AS]-[DEK] N 14: 32.7110 56( 42) P-x-R-x(3,4)-L-[AN]-x-[QS]-[AV]-F-x(2)-[AEQ]-I O 15: 32.3059 42( 42) N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] P 16: 31.1142 43( 42) E-[DENS]-x(2)-K-x(2,3)-L-x(0,2)-Q-x-[LV]-x-D-[EN]-x-[QT] Q 17: 28.5410 57( 42) R-x(3,4)-L-[AN]-x-[QS]-[AV]-F-x(2)-[AEQ]-I R 18: 28.1359 42( 42) L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] S 19: 23.8122 68( 42) A-x(1,2)-L-A-[EK]-[EQST]-A-x(3)-[ADES] T 20: 22.5213 42( 42) D-[SV]-x(2)-I-x(2,4)-L-L-x(1,2)-N Best patterns with alignements: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 69.8364 42( 42) S-T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] Occurences: 42(42) 1431_ENTHI : 217- 238: nmykd STLIMQLLrDNLTLWTSDacdE e 1431_LYCES : 195- 216: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1431_VICFA : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1432_ENTHI : 216- 237: esyke STLIMQLLrDNLTLWTSDmgdD e 1432_LYCES : 221- 242: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDnadD vgddi 1432_VICFA : 220- 241: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDipeD gedsq 1433_CAEEL : 215- 236: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDvgaE dqeqe 1433_DROME : 217- 238: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaepq 1433_ENTHI : 214- 235: ssykd STLIMQLLrDNLTLWTSDtadE e 1433_HORVU : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDnaeE ggdei 1433_MAIZE : 34- 55: esykd STLIMQLLxDNLTLWTSDtneD ggdei 1433_OENHO : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD ggdei 1433_ORYSA : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDnaeD ggdei 1433_PEA : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1433_SPIOL : 176- 197: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdE aadei 1433_XENLA : 205- 226: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSEnqgE eadnv 1434_MAIZE : 210- 231: esykd STLIMQLLhDNLTLWTSDiseD paeei 143B_BOVIN : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143B_HUMAN : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143B_RAT : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143C_ARATH : 225- 246: esykd STLIMQLLrDNLTLWASDmqdD vaddi 143E_RAT : 217- 238: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqgD geeqn 143E_SHEEP : 217- 238: xxxxd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqgD geeqn 143F_BOVIN : 218- 239: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDqqdE eageg 143F_HUMAN : 218- 239: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDlqdE eageg 143G_BOVIN : 218- 239: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDqqdD dggeg 143G_RAT : 218- 239: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDqqdD dggeg 143H_ARATH : 226- 247: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmrdE speei 143O_ARATH : 220- 241: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD aadei 143P_ARATH : 219- 240: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmtdE agdei 143R_ARATH : 223- 244: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDyagA dgrgl 143S_HUMAN : 216- 237: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTADnagE eggea 143T_HUMAN : 214- 235: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDsagE ecdaa 143T_RAT : 214- 235: dsykd STLIMQLLrDNLTLWTSDsagE ecdaa 143U_ARATH : 222- 243: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDlndE agddi 143Z_HUMAN : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag 143Z_RAT : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag 143Z_SHEEP : 214- 235: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag BMH1_YEAST : 218- 239: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDmseS gqaed BMH2_YEAST : 218- 239: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDiseS gqedq RA24_SCHPO : 219- 240: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDaeyS aaaag RA25_SCHPO : 218- 239: esykd STLIMQLLrDNLTLWTSDaeyN qsake B 2: 65.6663 42( 42) T-L-I-M-Q-L-L-x-D-N-L-T-L-W-[AT]-[AS]-[DE]-x(3)-[ADENS] Occurences: 42(42) 1431_ENTHI : 218- 238: mykds TLIMQLLrDNLTLWTSDacdE e 1431_LYCES : 196- 216: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1431_VICFA : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1432_ENTHI : 217- 237: sykes TLIMQLLrDNLTLWTSDmgdD e 1432_LYCES : 222- 242: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDnadD vgddi 1432_VICFA : 221- 241: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDipeD gedsq 1433_CAEEL : 216- 236: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDvgaE dqeqe 1433_DROME : 218- 238: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaepq 1433_ENTHI : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDtadE e 1433_HORVU : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDnaeE ggdei 1433_MAIZE : 35- 55: sykds TLIMQLLxDNLTLWTSDtneD ggdei 1433_OENHO : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD ggdei 1433_ORYSA : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDnaeD ggdei 1433_PEA : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD gadei 1433_SPIOL : 177- 197: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdE aadei 1433_XENLA : 206- 226: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSEnqgE eadnv 1434_MAIZE : 211- 231: sykds TLIMQLLhDNLTLWTSDiseD paeei 143B_BOVIN : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143B_HUMAN : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143B_RAT : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSEnqgD egdag 143C_ARATH : 226- 246: sykds TLIMQLLrDNLTLWASDmqdD vaddi 143E_RAT : 218- 238: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqgD geeqn 143E_SHEEP : 218- 238: xxxds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqgD geeqn 143F_BOVIN : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDqqdE eageg 143F_HUMAN : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDlqdE eageg 143G_BOVIN : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDqqdD dggeg 143G_RAT : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDqqdD dggeg 143H_ARATH : 227- 247: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmrdE speei 143O_ARATH : 221- 241: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmqdD aadei 143P_ARATH : 220- 240: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmtdE agdei 143R_ARATH : 224- 244: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDyagA dgrgl 143S_HUMAN : 217- 237: sykds TLIMQLLrDNLTLWTADnagE eggea 143T_HUMAN : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDsagE ecdaa 143T_RAT : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDsagE ecdaa 143U_ARATH : 223- 243: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDlndE agddi 143Z_HUMAN : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag 143Z_RAT : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag 143Z_SHEEP : 215- 235: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDtqgD eaeag BMH1_YEAST : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDmseS gqaed BMH2_YEAST : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDiseS gqedq RA24_SCHPO : 220- 240: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDaeyS aaaag RA25_SCHPO : 219- 239: sykds TLIMQLLrDNLTLWTSDaeyN qsake C 3: 62.5380 51( 42) E-x-[DR]-[NST]-L-x(1,3)-S-x(0,2)-Y-K-[DN]-[SV]-x-[GL]-x(2)-[QR]-[AL]-x(2)-[DR]-x-[IL]-[ST]-x(2)-[ET]-[QS]-[DEK]-x-[AEGNQST]-x(2)-[ADEGQ] Occurences: 51(42) 1431_ENTHI : 40- 74: aelsi EeRNLl--SvaYKNViGakRAswRiISslEQKeQakG ndkhv 1431_LYCES : 18- 52: eeltv EeRNLl--SvaYKNViGarRAswRiISsvEQKeEsrG neehv 1431_LYCES : 183- 217: deaia ElDTLgeeS--YKDStLimQLlrDnLTlwTSDmQddG adeik 1431_VICFA : 46- 80: eeltv EeRNLl--SvaYKNViGarRAswRiISsiEQKeEsrG ndehv 1431_VICFA : 211- 245: deaia ElDTLgeeS--YKDStLimQLlrDnLTlwTSDmQddG adeik 1432_ENTHI : 40- 74: telsv EeRNLi--SvaYKNVvGsrRAswRiISslEQKeQakG ntqrv 1432_LYCES : 44- 78: eeltv EeRNLl--SvaYKNViGarRAswRiISsiEQKeEsrG nedhv 1432_VICFA : 43- 77: velti EeRNLl--SvgYKNViGarRAswRiLSsiEQKeEskG ndvna 1433_CAEEL : 203- 237: 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