Artiklene som refereres til, er en del av pensum. Pga. copyrightbestemmelser legges de ikke ut her, men i Studentportalen, som er adgangsbegrenset.
| Uke | Dato | Forelesninger | Litteratur | Øvinger |
|---|---|---|---|---|
| 3 | tir 18/1 | Orienteringsmøte | fre 21/1 | Introduksjon til genprediksjon | Uberbacher & Mural (1991) (GRAIL) |
| 4 | tir 25/1 | Kunstige nevrale nettverk i genprediksjon | Pedersen & Nielsen (1997) Hatzigeorgiou (2002) | Øving 1 | fre 28/1 | Evaluering av prediksjonsmetoder | Burset & Guigo (1996) Claverie (1997) |
| 5 | tir 1/2 | Markovkjeder | Ewens & Grant kap. 4.4-4.9 | Øving 2 |
| fre 4/2 | Markovkjeder. Gjennomgang øv. 1 Foredrag av Boris Lenhard: Conservation and variation in genomic regulatory elements |
|||
| 6 | tir 8/2 | Skjulte Markov-modeller (HMM) | Ewens & Grant kap. 11 | Obligatorisk øving
Innlevering |
| fre 11/2 | Skjulte Markov-modeller (HMM) | Ewens & Grant kap. 11 | ||
| 7 | tir 15/2 | Avlyst | ||
| fre 18/2 | Skjulte Markov-modeller i genprediksjon Gjennomgang øv. 2 |
Krogh et al. (1994) Burge & Karlin (1997) (GENSCAN) |
||
| 8 | tir 22/2 | Annotasjon og gen-ontologi | Gene Ontology Consortium (2000, 2001, 2004) | |
| fre 25/2 | Veiledning til oblig | |||
| 9 | 28/2-4/3 |
CBU-kurs i mikromatriser Program |
||
| 11 | tir 15/3 | Gjennomgang av oblig | ||
| 12-13 | Påske | |||
| 14 | tir 5/4 | Analyse av mikromatrisedata: PCA og korrespondanseanalyse |
notater fra CBU-kurset | Øving 4 |
| fre 8/4 | Databasen Ensembl. Gjennomgang øv. 4 |
Hubbard et al. (2002) | ||
| 15 | 11/4-14/4 |
CBU-kurs i
proteomikk Sted: PROBE, BBB, Haukeland (kart) Program |
Øving 5 | |
| 16 | tir 19/4 | Oppsummering | ||
| fre 22/4 | ||||
| 17 | tir 26/4 |
Oppsummering proteomikk-kurs Gjennomgang øv. 5 (ved I. Eidhammer) |
||
| 18 | Eksamenslesing | |||
| 19 | tors 12/5 fre 13/5 |
Muntlig eksamen | ||