Pensum INF381 våren 2005

Dette er en endelig liste.

Genomikk

Pensum i genomikk-delen består av forelesningsnotater, utvalgte artikler og bokkapitler, samt øvingene. De følgende artiklene (hele eller deler) blir tatt opp i forelesningene og vil inngå i pensum. Pga. copyrightbestemmelser er artiklene ikke lagt ut her, men i Studentportalen, som er adgangsbegrenset.

Markovkjeder og skjulte Markov-modeller

Fra Ewens and Grant: Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction. Springer, 2002: kap. 4.4-4.9, kap. 11. Kopi deles ut.

Genprediksjon

Uberbacher, E.C. and Mural, R.J. (1991). Locating protein-coding regions in human DNA sequences by a multiple sensor-neural network approach. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 11261-11265

Pedersen, A.G., and Nielsen, H. (1997). Neural network prediction of translation initiation sites in eukaryotes: Perspectives for EST and Genome analysis. In Proceedings of the 5th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, ISMB97, AAAI Press, 226-233.

Hatzigeorgiou, A.G. (2002). Translation initiation start prediction in human cDNAs with high accuracy. Bioinformatics, 18, 343-350.

Burset, M. and Guigo, R. (1996). Evaluation of gene structure prediction programs. Genomics, 34, 353-367.

Claverie, J.-M. (1997). Computational methods for the identification of genes in vertebrate genome sequences. Hum. Mol. Genet., 6, 1735-1744.

Krogh, A., Saira Mian, I., and Haussler, D. (1994). A Hidden Markov Model that finds genes in E. coli DNA. Nucleic Acids Res., 22, 4768-4778.

Burge, C. and Karlin, S. (1997). Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J. Mol. Biol., 268, 78-94.

Ontologi og databaser

The Gene Ontology Consortium (2000). Gene Ontology: tool for the unification of biology. Nature Genet., 25, 25-29.

The Gene Ontology Consortium (2001). Creating the Gene Ontology Resource: Design and Implementation. Genome Res. 11, 1425-1433.

The Gene Ontology Consortium (2004). The Gene Ontology (GO) database and informatics resource. Nucleic Acids Res., 32, D258-D261.

Hubbard, T. et al. (2002). The Ensembl genome database project. Nucleic Acids Res., 30, 38-41.

Mikromatriser

Pensum er det som er gjennomgått i CBU-kurset. men deler av følgende bok kan være nyttig som støttelitteratur. Den er gratis nedlastbar som pdf.
Tomi Pasanen et al.: DNA Microarray Data Analysis, CSC, Finland, 2003.

Proteomikk

Pensum er det som er gjennomgått i CBU-kurset. To manuskripter av Ingvar Eidhammer, utlagt i Studentportalen, dekker sentrale deler av teorien (MS og MS/MS), men går mer i dybden enn kurset. Følgende bok gir dessuten en grei oversikt over emnet (støttelitteratur):
Daniel C. Liebler: Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology, Humana Press, 2002.

[Hovedside INF381]


Eivind Coward
Sist oppdatert: 3. mai 2005.