INF 381 (V2005)
Øving 4: Ensembl
Denne oppgaven går ut på å gjøre seg litt kjent med Ensembl.
Begynn med å gå til hjemmesiden for Ensembl
(http://www.ensembl.org/)
og besvar følgende spørsmål.
Artikkelen om Ensembl som er lagt ut i Studentportalen
(Hubbard et al., 2002) kan også være nyttig.
-
Hva er hovedinnholdet i Ensembl-databasen, og hvordan er
den organisert? Hva mer enn en database tilbyr Ensembl?
-
Hvor mange gener er annotert på menneskets kromosom 22?
-
Vis grafisk hvor genene på kromosom 22 har homologer i mus.
-
Finn genet med EBML-ID U08377. Hva er HUGO-ID og ensembl-ID
for det samme genet?
Hvilket kromosom ligger den på?
-
Få ut informasjon om genet (såkalt "GeneView") og studer
transkript-strukutren. Hvor mange exons har genet?
Hvor langt er det?
-
En link under "Genomic location" gjør det mulig å se hvordan
genet ligger på kromosomet ("ContigView"). Her vises mye informasjon.
Hva slags grunnlag gir grunn til prediksjonen av dette genet?
Fins det f.eks. EST-sekvenser? Automatisk genprediksjon?
Hvilke andre organismer har homologer?
-
Finn en lenke til en relevant proteinsekvens i dette diagrammet.
Lykke til! Gjennomgang fredag 8. april.