INF381 - Analyse av postgenomiske data

Obligatorisk øving

Oppgaveteksten finnes her. Denne siden inneholder data til oppgaven. Øvingen skal leveres innen mandag 28/2 til coward@ii.uib.no.

I oppgaven skal vi lage vektmatriser for Pribnow-bokser i E. coli. Her kan dere laste ned sammenstillingene (gapløse) som brukes til å lage matrisene. Siden det blir så ensformig hvis alle får helt like data, er vi rause og har laget et datasett til hver. Hvert sett består av en sammenstilling uten gap av 20 sekvenser av lengde 6.

  1. Bryant J.
  2. Dag Viggo
  3. Lars
  4. Øystein
  5. Peter
  6. Trond
  7. Andre?
Her er sekvensen dere skal bruke vektmatrisen til å søke etter Pribnow-bokser i oppgave h).
cacactaaggtaattccttatgctggcaatgtcgt
Lykke til!